马来酰亚胺是最常用的巯基标记基团,即使在中性条件下马来酰亚胺也可以与生物分子中的巯基反应,形成的硫醚键非常稳定,并且马来酰亚胺比碘代乙酰胺的稳定性好。最佳反应pH为7.0左右。如果没有SH而有双硫键,也可以通过还原双硫键得到SH,再进行标记。